출연진과 제작진은 23세기를 뛰어넘는 용기를 지닌 챌린저 승무원들에게 이 영화를 바칩니다. 라는 글귀로 영화를 시작합니다. (1986년 1월28일 챌린저호는 발사된지 73초만에 공중에서 폭발하여 교사신분으로 우주인으로 선정된 여성을 포함한 7명의 승무원들이 안타깝게 사망하고 맙니다.)
전편에서 클링온과의 전투에서 엔터프라이즈호를 잃고 대신 클링온의 전함을 빼앗아 벌칸에 들려 스팍(레너드 니모이)을 되찾고 함정수리도 할겸 3개월정도를 보낸다. 커크제독(윌리엄 샤트너)과 본즈,스팍, 스콧,슬루,우...